Wikipedija

ENCODE

Enciklopedija DNK elemenata (ENCODE) je javni istraživački konzorcijum[2] koji je uspostavio američki Nacionalni istraživački institut ljudskog genoma (NHGRI) septembra 2003.[1][3][4][5] Njegov primarni cilj je da se nađu svi funkcionalni elementi ljudskog genoma.[6] Podaci generisani u okviru ovog projekta se deponuju u javne baze podataka.

ENCODE
Kontent
OpisBaza podataka celog genoma
Kontakt
Istraživački centarKalifornijski univerzitet Santa Kruz
LaboratorijaCenter za biomolekularne nauke i inženjestvo
AutoriBrian J Raney[1]
Primarna citacijaPMID 21037257
Pristup
Veb stranicaencodeproject.org
Alati
Razno

Inicijalni rezultati projekta su objavljeni 5. septembra 2012. u koordiniranoj grupi od 30 članaka objavljenih u žurnalima Nature (6 publikacija), Genome Biology (18 publikacija), i Genome Research (6 publikacija).[7][8] U publikaciji sa pregledom projekta se navodi da su poznate biohemijske funkcije za 80% ljudskog genoma.[9][10] Znatan deo funkcionalne nekodirajuće DNK učestvuje u regulaciji ekspresije kodirajućih gena.[9] Izražavanje kodirajućih gena je kontrolisano višestrukim rebulatornim mestima, koja mogu da budu locirana u blizini ili na znatnoj razdaljini od gena. Ovi resultati demonstriraju da je regulacija gena daleko kompleksnija nego što se ranije verovalo.[11]

Reference uredi

  1. ↑ 1,0 1,1 Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Jim Kent (January 2011). „ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)”. Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D871–5. DOI:10.1093/nar/gkq1017. PMC 3013645. PMID 21037257. 
  2. ↑ Maher B (September 2012). „ENCODE: The human encyclopaedia”. Nature 489 (7414): 46–8. DOI:10.1038/489046a. PMID 22962707. 
  3. ↑ ENCODE Project Consortium (2011). Becker PB. ur. „A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)”. PLoS Biology 9 (4): e1001046. DOI:10.1371/journal.pbio.1001046. PMC 3079585. PMID 21526222. 
  4. ↑ ENCODE Project Consortium, Ewan Birney, Stamatoyannopoulos JA, Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET, et al. (2007). „Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project”. Nature 447 (7146): 799–816. Bibcode 2007Natur.447..799B. DOI:10.1038/nature05874. PMC 2212820. PMID 17571346. 
  5. ↑ Guigó R, Flicek P, Abril JF, Reymond A, Lagarde J, Denoeud F, Antonarakis S, Ashburner M, Bajic VB, Ewan Birney, Castelo R, Eyras E, Ucla C, Gingeras TR, Harrow J, Hubbard T, Lewis SE, Reese MG (2006). „EGASP: The human ENCODE Genome Annotation Assessment Project”. Genome Biology 7: S2. DOI:10.1186/gb-2006-7-s1-s2. PMC 1810551. PMID 16925836. 
  6. ↑ National Human Genome Research Institute. „The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements”. U.S. National Institutes of Health. 
  7. ↑ „ENCODE project at UCSC”. ENCODE Consortium. Pristupljeno 5. 9. 2012. 
  8. ↑ Walsh F (5. 9. 2012.). „Detailed map of genome function”. BBC News. Arhivirano iz originala na datum 2012-09-06. Pristupljeno 6. 9. 2012. 
  9. ↑ 9,0 9,1 Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M (September 2012). „An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome”. Nature 489 (7414): 57–74. Bibcode 2012Natur.489...57T. DOI:10.1038/nature11247. PMID 22955616. 
  10. ↑ Timmer J (10. 9. 2012.). „Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history”. Staff / From the Minds of Ars. Ars Technica. Pristupljeno 10. 9. 2012. 
  11. ↑ Pennisi E (September 2012). „Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA”. Science 337 (6099): 1159, 1161. DOI:10.1126/science.337.6099.1159. PMID 22955811. 

Vidi još uredi

Spoljašnje veze uredi

  Portal Informatika
Izvor: https://sh.wikipedia.org/w/index.php?title=ENCODE&oldid=41376817