C-vrednost
C-vrednost je količina DNK sadržana u haploidnom nukleusu (npr. gametu) ili jedna polovina količine u diploidnoj somatskog ćeliji eukariotskog organizma, izražena u pikogramima (1 pg = 10−12 g). U nekim slučajevima termini C-vrednost i veličina genoma se koriste naizmenično, međutim kod poliploida C-vrednost može da predstavlja dva genoma sadržana unutar istog nukleusa. Greilhuber et al.[1] su predložili nove nivoe terminologije i odgovarajuće skraćenice radi razjašnjavanja ove materije, ali ti donekle kompleksni dodaci do sad nisu našli širu primenu.
Računanje C-vrednosti uredi
| Nukleotid | Hemijska formula | Relativna molekulska težina |
|---|---|---|
| 2′-dezoksiadenozin 5′-monofosfat | C10H14N5O6P | 331.2213 |
| 2′-dezoksitimidin 5′-monofosfat | C10H15N2O8P | 322.2079 |
| 2′-dezoksiguanozin 5′-monofosfat | C10H14N5O7P | 347.2207 |
| 2′-dezoksicitidin 5′-monofosfat | C9H14N3O7P | 307.1966 |
†Izvor tabele: Doležel et al., 2003[2]
Koristeći podatke iz gornje tabele relativne težine nukleotidnih parova se mogu računati na sledeći način: AT = 615.383 i GC = 616.3711, imajući u vidu da formiranje jedne fosfodiesterske veze uzrokuje gubitak jednog H2O molekula. Fosfati nukleotida DNK lanca su kiseli tako da je na fiziološkom pH H+ jon disociran. Podrazumevajući da je odnos AT i GC parova 1:1, prosečna relativna težina nukleotidnog para je 615.8771.
Relativna molekularna težina se može konvertovati u apsolutnu vrednost množenjem sa jedinicom atomske mase (1 u), koja je 1/12 mase 12C, i.e., 1.660539 × 10−27 kg. Konsekventno, prosečna težina nukleotidnog para je 1.023× 10−9 pg, i 1 pg DNK predstavlja 0.978 × 109 baznog para.[2]
Formule za konvertovanje broja nukleotidnih parova (ili baznih parova) u pikograme DNK i vice-versa su:[2]
- veličina genoma (bp) = (0.978 x 109) x DNK sadržaj (pg)
- DNK sadržaj (pg) = veličina genoma (bp) / (0.978 x 109)
- 1 pg = 978 Mb
Reference uredi
- ↑ Greilhuber J, Doležel J, Lysák M, Bennett MD (2005). „The origin, evolution and proposed stabilization of the terms 'genome size' and 'C-value' to describe nuclear DNA contents”. Annals of Botany 95 (1): 255–60. DOI:10.1093/aob/mci019. PMID 15596473.
- ↑ 2,0 2,1 2,2 Doležel J, Bartoš J,Voglmayr H, Greilhuber J (2003). „Letter to the editor: Nuclear DNA Content and Genome Size of Trout and Human”. Cytometry 51A (2): 127–128. DOI:10.1002/cyto.a.10013. PMID 12541287.