Tokom kosovskog rata, srpske snage su sprovodile [[Operacija Potkovica|organizovano etničko čišćenje]] Prizrena i okoline.<ref name="OEBS">[http://www.osce.org/publications/odihr/1999/11/17755_506_sr.pdf Kosovo: kako viđeno, tako rečeno] (Izveštaj OEBS-a)</ref> Krajem [[mart]]a [[1999]] srpska policija je išla od kuće do kuće i proterivala albansko stanovništvo grada.<ref name="Po naređenju">[http://www.hrw.org/legacy/reports/2001/kosovo/Po_naredjenju.pdf Po naređenju: ratni zločini na Kosovu] (Izveštaj Human Right Watch-a)</ref> Nakon [[oduzimanje dokumenata|oduzimanja dokumenata]], mnogi stanovnici Prizrena su bili primorani da se priključe kolonama izbeglica koje su išle ka albanskoj granici.<ref name="OEBS"/><ref name="Optužnica">[http://americanradioworks.publicradio.org/features/kosovo_trans/more2.htm Optužnica za ratne zločine srpskim liderima]</ref> Oko 28. marta srpska policija je uništila zdanje „[[Prizrenska liga|Prizrenske lige]]“, koje za kosovske Albance predstavlja važan historijski spomenik, nakon čega je teren poravnat.<ref name="OEBS"/> Tokom nekoliko narednih sedmica, srpske snage su sistematski "čistile" ulicu po ulicu od stanovnika albanske narodnosti.<ref name="OEBS"/> Zabeleženo je rasprostranjeno pljačkanje i iznuđivanje novca i dragocenosti od strane vlasti.<ref name="OEBS"/> Izbeglice iz Prizrena i okoline su uglavnom prihvatane u [[Kukeš]]u (Albanija).<ref name="OEBS"/>
[[Datoteka:Church of the Holy Saviour - Prizren.jpg|thumb|right|Pravoslavna crkva u Prizrenu, srušena tokom nemira [[2004]].]]
