Pfam je baza podataka proteinskih familija koja sadrži njihove anotacije i poravnavanja višestrukih sekvenci generisane koristeći skrivene Markovljeve modele.[1][2][3]

OsobineUredi

Za svaku familiju u Pfam bazi podata je moguće:

  • Pregledati višestruka poravnavanja
  • Prikazati arhitekture proteinskih domena
  • Pregledati vrste distribucija
  • Slediti linkove prema drugim bazama podataka
  • Prikaziti poznate proteinske strukture

74% proteinskih sekvenci imaju bar jednu Pfam vezu.[4] Taj broj se naziva pokrivenost sekvenci.

Vidi jošUredi

LiteraturaUredi

  1. Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2008). "The Pfam protein families database.". Nucleic Acids Res 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960. 
  2. Finn RD, Mistry J, Schuster-Böckler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (January 2006). "Pfam: clans, web tools and services". Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D247–51. PMC 1347511. PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. 
  3. Bateman A, Coin L, Durbin R, Finn RD, Hollich V, Griffiths-Jones S, Khanna A, Marshall M, Moxon S, Sonnhammer EL, Studholme DJ, Yeats C, Eddy SR (January 2004). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Research 32 (Database issue): D138–41. PMC 308855. PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. 
  4. Jaina Mistry, Penny Cogghill, Sean Eddy, Rob Finn, John Tate1 & Alex Bateman1. "Broadening Pfam Protein Sequence Annotations : Nature Precedings". DOI:10.1038/npre.2009.3194.1. http://precedings.nature.com/documents/3194/version/1.