Superfamilija (proteini)
(Preusmjereno sa stranice SUPERFAMILY)
Superfamilija (SUPERFAMILY) je baza podataka koja sadrži strukturnu i funkcionalnu anotaciju svih proteina i genoma.[1][2][3][4][5]
| Kontent | |
|---|---|
| Opis | Baza podataka SUPERFAMILY sadrži strukturnu i funkcionu anotaciju svih proteina i genoma. |
| Tipovi podataka | Proteinske familije, anotacija genoma, poravnavanja sekvenci, HMM modeli |
| Organizam | all |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | Univerzitet u Bristolu |
| Laboratorija | Džulijan Gof |
| Primarna citacija | PMID 19036790 |
| Pristup | |
| Format podataka | FASTA format |
| Veb stranica | SUPERFAMILY vebsajt |
| URL za preuzimanje | SUPERFAMILY |
| Alati | |
| Razno | |
| Licenca | GNU-ova opšta javna licenca |
| Verzija | 1.75 |
Ova anotacija bazirana na kolekciji skrivenih Markovljevih modela, koji predstavljaju strukturne proteinske domene na nivou SCOP superfamilije.[6] Grupe superfamilije formiraju domene koji imaju evolucione odnose. Anotacija je formirana skeniranjem proteinskih sekvenci kompletno sekvenciranih genoma koristeći skrivene Markovljeve modele.
Za svaki protein se može:
- Poslati sekvenca za SCOP klasifikaciju
- Razmatrati organizacija domena, poravnavanja sekvenci i detalji proteinskih sekvenci
Reference uredi
- ↑ Wilson, D.; Pethica, R.; Zhou, Y.; Talbot, C.; Vogel, C.; Madera, M.; Chothia, C.; Gough, J. (2009). „SUPERFAMILY--sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D380–D386. DOI:10.1093/nar/gkn762. PMC 2686452. PMID 19036790.
- ↑ Wilson, D.; Madera, M.; Vogel, C.; Chothia, C.; Gough, J. (2007). „The SUPERFAMILY database in 2007: Families and functions”. Nucleic Acids Research 35 (Database issue): D308–D313. DOI:10.1093/nar/gkl910. PMC 1669749. PMID 17098927.
- ↑ Gough J. (2002). „The SUPERFAMILY database in structural genomics”. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 58 (Pt 11): 1897–1900. PMID 12393919.
- ↑ Gough, J.; Chothia, C. (2002). „SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments”. Nucleic Acids Research 30 (1): 268–272. DOI:10.1093/nar/30.1.268. PMC 99153. PMID 11752312.
- ↑ De Lima Morais, D. A.; Fang, H.; Rackham, O. J. L.; Wilson, D.; Pethica, R.; Chothia, C.; Gough, J. (2010). „SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method”. Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D427–D434. DOI:10.1093/nar/gkq1130. PMC 3013712. PMID 21062816.
- ↑ Gough, J.; Karplus, K.; Hughey, R.; Chothia, C. (2001). „Assignment of homology to genome sequences using a library of hidden Markov models that represent all proteins of known structure1”. Journal of Molecular Biology 313 (4): 903–919. DOI:10.1006/jmbi.2001.5080. PMID 11697912.