Rfam
Rfam je baza podataka koja sadrži informacije o familijama nekodirajućih RNK (ncRNK) i drugih strukturnih RNK elemenata. Ona je anotirana baza podataka otvorenog pristupa koju je originalno razvio Wellcome Trust Sanger Institute u kolaboraciji sa Janelia Farm,[1][2][3][4] i koju trenutno održava Evropski bioinformatički institut.[5] Rfam je dizajnirana na sličan način sa Pfam bazom podataka za anotaciju proteinskih familija.
| Kontent | |
|---|---|
| Opis | Rfam baza podataka sadrži modele poravnanja, konsenzusnih sekundarnnih struktura i kovarijansi RNK familija. |
| Tipovi podataka | RNK familije |
| Organizam | svi |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | EBI |
| Primarna citacija | PMID 23125362 |
| Pristup | |
| Format podataka | Stokholmski format |
| Veb stranica | Rfam |
| URL za preuzimanje | Rfam ftp |
| Alati | |
| Razno | |
| Licenca | Javno vlasništvo |
| Obeležavajuća etiketa | yes |
Za razliku od proteina, ncRNK sekvence često imaju slične sekundarne strukture, mada njihove primarne strukture nisu slične. Rfam deli ncRNK sekvence u familije na bazi evolucije iz zajedničlig pretka. Poravnavanja višestrukih sekvenci (MSA) tih familija može da pruži uvid u njihovou strukturu i funkciju, kao što je to slučaj sa proteinskim familijama. MSA su postale još korisnije dodatkom sekundarne strukture. Rfam istraživači takođe doprinose vikipedijinoj inicijativi: RNA WikiProject.[4][6]
Reference uredi
- ↑ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). „Rfam: an RNA family database”. Nucleic Acids Res. 31 (1): 439–41. DOI:10.1093/nar/gkg006. PMC 165453. PMID 12520045.
- ↑ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). „Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D121–4. DOI:10.1093/nar/gki081. PMC 540035. PMID 15608160.
- ↑ Gardner PP, Daub J, Tate JG, et al. (October 2008). „Rfam: updates to the RNA families database”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D136. DOI:10.1093/nar/gkn766. PMC 2686503. PMID 18953034.
- ↑ 4,0 4,1 Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). „Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.”. Nucleic Acids Res 39 (Database issue): D141–5. DOI:10.1093/nar/gkq1129. PMC 3013711. PMID 21062808.
- ↑ „Moving to xfam.org”. Xfam Blog. Pristupljeno 3 May 2014.
- ↑ Daub J, Gardner PP, Tate J, et al. (October 2008). „The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families”. RNA 14 (12): 2462–4. DOI:10.1261/rna.1200508. PMC 2590952. PMID 18945806.