Nakon što se pridružio Santosu 2003. godine, Neymar je debitirao u dobi od 17 godina protiv Haldane FC, [[7. 3.|7. ožujka]] [[2009|2009.]] u 2-1 pobjedi. Neymarov sljedeći nastup bio je protiv Mogi Mirima tjedan dana kasnije, tijekom kojeg je postigao svoj prvi pogodak za Santos. Dana [[11. 4.|11. travnja]] [[2009|2009.]], u Campeonato Paulista polufinalnoj prvoj utakmici protiv Palmeirasa, Neymar zabija odlučujući gol u 2-1 pobjedi na EstádioVila Belmiro. U finalu je Santos Santos pretrpio 4-2 poraz od Corinthiansa. Neymarovi nastupi za Santos privukli su pozornost na mladog igrača, a padale su i usporedbe s brazilskim idolima kao što su [[Robinho]] i [[Pelé]].
PrivukaoZainteresovao je interes nekoliko europskihevropskih klubova, kao što su [[Manchester UnitedCity F.C.|Manchester United]], [[Inter]], [[Real Madrid CF|Real Madrid]], [[GOŠK]] i [[Juventus F.C.|Juventus]]. Čelnici Real Madrida, idu čak tako daleko da tvrde da su potpisali predugovor s Neymarovim agentom, Renatom Rodriguesom, koji klub Santos odbija potvrditi. [[West Ham United]] je dao ponudu od 12 000 000 £ koja je odbijena u lipnjujunu 2010. Nakon odbijene ponude Santos postavlja minimalnu prodajnu cijenucenu od 30 milijunamiliona € i produžuju ugovor s Neymarom do prosincadecembra [[2014|2014.]] godine. Neymar izjavljuje da još nije vrijemevreme za odlazak iz Brazila, jer smatra da je premlad za nove izazove i da će ostati fokusiran samo na Santos. Međutim Neymarov agent inzistirainsistira na tome da napadač Santosa ne ostane u svojoj domovini. Neymar je otkrio da bi voliovoleo prijećipreci u GOŠK.
Dana [[15. 4.|15. travnjadecembra]] 2010., Neymar zabijadaje pet golova za Santos u 8-1 razbijanju Guaranija u osmini finala brazilskog kupa. Nakon 2010. Campeonato Paulista u kojem je Neymar zabiodao 14 golova u 19 utakmica, klub se okrunio titulom prvaka nakon 5-5 ukupne pobjede zbog golova u gostima nad Santo Andreom u finalu. Neymaru je naknadno dodijeljenadodeljena nagrada za najboljeg igrača.
