[[Datoteka:Magnetit1.jpg|minithumb|250px|lijevo|Prikaz strukturnog i magnetskog uređenja magnetita s označenom jediničnom ćelijom]]Magnetit ima strukturu inverznog spinela u kojoj se u šupljinama unutar kubične guste slagaline [[kisik|kisikovih]] [[anion|aniona]] nalaze željezovi kationi oksidacijskog stanja +2 i +3. U jednoj četvrtini raspoloživih tetraedarskih šupljina smješteni su [[kation|kationi]] Fe<sup>3+</sup>, dok su u polovini oktaedarskih šupljina smješteni kationi Fe<sup>2+</sup> i Fe<sup>3+</sup>.
