Kodon je potpuno definisan u zavisnotizavisnosti od toga gde me je početna pozicija. Na primer, data je sledeća sekvenca 5'- GGGAAACCC -3'. Ako počnemo da čitamo sa prvog G na levoj strani, onda se sekvenca sastoji od kodona GGG, AAA i CCC. Ako počnemo da čitamo sa drugog G na desno, onda se sekvenca sastoji od GGA i AAC (u ovom primeru ignorišemo dva poslednja nukleotida, jer čine nepotpun kodon). Ako krenemo da čitamo od trećeg G na desno, onda se sekvenca sastoji od GAA i ACC. Tako da data sekvenca može da bude čitana na tri različita načina, i svaka od ova tri načina može drastično da promeni tok sinteze proteina, jer ova tri gore pomenuta načina čitanja proizvode potpuno različite amino kiseline. U ovom primeru prvo čitanje je proizvelo amino kiseline Gly-Lys-Pro, drugo čitanje Gly-Asp, i treće je Glu-Thr.
Način na koji se ovaj problem rešava je pomoću jasnog deifnisanja gde je start kodon. Tako da obično prvo pojavljivanje AUG sekvence u molekulu [[Ribonukleinska kiselina|RNK]] se uzima kao start kodon. [[Mutacija|Mutacije]] i greške prilikom DNK replikacije mogu znatno da utiču ili čak potpuno unište funkciju proteina.
