Vjeruje se da je nad područjem Komagene vlast preuzelo [[Seleukidsko Carstvo]] krajem 3. ili početkom 2. vijeka pne. pod vlašću [[Antioh III Veliki|Antioha III Velikog]]<ref name="Sartre, M. 2007 p. 23"/>.
Ta je vlast trajala do godine 163. pne. kada je, poslije smrti seleukidskog kralja [[Antioh IV Epifan|Antioha IV Epifana]], lokalni satrap [[Ptolemej od Komagene]] proglasio nezavsisno kraljevstvo sa sobom na čelu<ref name="Sartre, M. 2007 p. 23"/>. Kraljevstvo Komagena je svoju nezavisnost uspjela očuvati sve do godine 17. n.e. kada je proglašeno rimskom provincijom do strane cara [[Tiberije|Tiberija]]. Nezavisnim kraljevstvom je postalo ponovno kada je [[Antioh IV od Komagene]] postavljen na prijestolje naredbom cara [[Kaligula|Kaligule]], ali je isti car samo par godina kasnije svrgnuo Antioha. Komagena je nezavisnost, opet pod Antiohom, dobila zahvaljujući caru [[Klaudije|Klaudiju]]. Obnovljeno kraljevstvo je trajalo do godine 72. kada ga je car [[Vespazijan]] konačno anektirao u Carstvo. <ref>Hazel, J., ''Who's Who ion the Roman World'' (2002), p. 13</ref>.
