Protiv njega i drugih generala odgovornih za Kosovo je krajem [[20052003]]. podignuta optužnica [[Haški tribunal|Haškog tribunala]]. Srbijanske vlasti su pokušale da zaustave njihovo izručenje.<ref>[http://www.pescanik.net/content/view/1824/1179/ Memoari Karle Del Ponte III]</ref> Pavković je [[2005]]. izručen [[Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju|Međunarodnom krivičnom sudu za bivšu Jugoslaviju]] u [[Hag]]u. Sud ustanovljava da je Pavkovićev doprinos [[udruženi zločinački poduhvat|udruženom zločinačkom poduhvatu]] bio značajan, budući da je koristio snage VJ koje su mu bile na raspolaganju za terorisanje i nasilno proterivanje civila kosovskih Albanaca iz njihovih domova.<ref name="Optužnica"/> On je imao nameru da prisilno raseli albansko stanovništvo Kosova radi obezbeđenja dalje kontrole državnih vlasti nad pokrajinom.<ref name="Optužnica"/> Pavković je, u datim okolnostima, mogao razumno predvideti da će snage VJ i MUP izvršavajući njegova naređenja činiti ubistva, silovanja i hotimična uništavanja [[džamija]].<ref name="Optužnica"/>
[[2009]]. je proglašen krivim po svim tačkama optužnice i osuđen na 22 godine zatvora za [[deportacija|deportacije]], prisilna premeštanja, [[ubistvo|ubistva]], progone i druga nehumana dela.<ref name="Presuda"/> Zajedno sa njim, osuđeni su i [[Vladimir Lazarević]], [[Nikola Šainović]], [[Dragoljub Ojdanić]] i [[Sreten Lukić]].
