U posljednjem ratu [[1991.]] crkva je pretrpjela teška razaranja kada su u unutrašnjosti crkve naoružane snage koje su se borile na hrvatskoj strani, u noći izmedju [[18.]] i 19. septembra [[1991.]] u crkvi aktivirali eksploziv što je izazavalo teška oštećenja unutrašnjosti, srušen je gornji dio zvonika, krovna konstrukcija i svod crkve. Unutrašnjost crkve je potpuno demolirana i izgorjela.<ref name="gk-srbije-vukovar.hr"/>. Na sreću, uspjelo se prije rušenja spastispasiti većinu ikona sa ikonostas crkve, na zamolbu episkopa Lukijana ikonostasikone crkvesa svetogikonostasa Nikoleprenesene skinut je u djelove kako bi se spasao od rata i prenesen jesu u [[Novi Sad]] te je tako ostaoostale sačuvansačuvane. Obnova vanjskog dijela crkve završena je početkom [[2012.]] a atelje "Stanišić" je po originalnim nacrtima izradio nove vitražne prozore sa likovima svetitelja koji ponovno krase crkvu Svetog Nikole. OriginalniOriginalne [[ikonostas]]ikone sa ikonostasa crkve kojikoje jesu sačuvansačuvane i restauriranrestaurirane, i dalje se nalazi u Pokrajinskom zavodu za zaštitu spomenika kulture u Novom Sadu te se čeka njegovnjihov povraćaj u Vukovar. Do povrata crkvenog ikonostasa, unutarnja obnova crkve još je u toku. U sklopu crkve je i sjedište Srpske pravoslavne crkvene opštine Vukovar. Prvu parohiju Hram Svetog Nikolaja vodevodi protojerej-stavrofor Dušan Marković i đakon Goran Todorović. Služba se obavlja u zgradi Srpskog Doma pored crkve do potpune obnove hrama, u istoj zgradi nekada je bila prva srpska škola u gradu a danas sem crkvene službe, u Domu djeluju i mnoga društva od kojih je kao i nekada najznačajnije KUD "Javor". U tornju do kora nalazi se prostorija u kojoj se čuvaju crkvene knjige i stari uredski spisi od 1732.g. paSaša nadaljeKuzmanović. Hram [[Svetog Nikole]] jedna je od najznačajnijih i najstarijih [[barok]]nih građevina [[Srbi|srpskih zajednica]] koje žive sjeverno od rijeke [[Sava|Save]]<ref name="Vukovara 2008"/>, njezina obnova u potpunosti će oživjeti duhovni život pravoslavnih [[Srba]] na ovom području.<ref>Predstavljanje radova sa obnove ikonostasa pravoslavnih crkava Hrvatske (Dalja, Vukovara, Opatovca, Skradina, Branjine, Bobote i Koprivne, galerija Matice Srpske , Novi Sad, 23.januar 2012.</ref>
