InChI
Internacionalni hemijski identifikator (InChI) je tekstualni identifikator hemijskih supstanci. On je dizajniran da bude standard kodiranja molekulske informacije koji je jednostavan za čitanje, i istovremeno prikladan za pretragu informacija u bazama podataka. Razvile su ga je organizacije IUPAC (engl. International Union of Pure and Applied Chemistry) i NIST (engl. National Institute of Standards and Technology) u toku 2000-2005. Format i algoritmi su nezaštićeni, i implementirani su u računarskim programima koji su slobodno dostupni pod LGPL licencom otvorenog koda. Termin InChI je oznaka definisana od strane IUPAC organizacije.[1]
Pregled uredi
Ovi identifikatori opisuju hemijske supstance u vidu informacionih slojeva — atomi i hemijske veze, tautomerska informacija, izotopska informacija, stereo-hemija, jonizacija. Svi slojevi nisu uvek neophodni, na primer, tautomerski sloj se može izostaviti kad ta je vrsta informacije nevažna.
InChI identifikatori se razlikuje od CAS brojeva u tri pogleda:
- oni su nezaštićeni,
- oni se mogu formirati na bazi hemijske strukture,
- najveći deo InChI identifikatora se može čitati (uz malo prakse).
InChI identifikatori se mogu smatrati generalnom I veoma formalnom verzijom IUPAC imena. Oni mogu sadržati veći informacioni sadržaj nego jednostavnija SMILES notacija. Poput kanoničkih SMILES oni su jedinstveni nizovi znakova, i prikladni su za upotrebu u bazama podataka. 3D koordinate atoma nisu deo InChI formata.
InChI algoritam pretvara strukturnu informaciju u jedinstveni InChI identifikator u tri stepena: normalizacija (odstranjivanje nepotrebnih podataka), kanonizacija (stvaranje jedinstvene numeričke etikete atoma), i formiranje niza znakova.
InChIKey je kaširani InChI identifikator sa fiksnom dužinom od 25 znakova. InChIKey specifikacija je objavljena u Septembru 2007. godine da bi se omogućila Veb pretraživanja hemijskih jedinjenja, pošto je to bilo problematično koristeći InChI.[2]
Primeri uredi
| CH3CH2OH etanol |
InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3 |
 L-askorbinska kiselina |
InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2/t2-,5+/m0/s1 |
Povezano uredi
Reference uredi
- ↑ McNaught, Alan (2006). „The IUPAC International Chemical Identifier:InChl”. Chemistry International (IUPAC) 28 (6).
- ↑ „The IUPAC International Chemical Identifier (InChI)”. IUPAC. 5 September 2007. Arhivirano iz originala na datum 2007-10-30.
Vanjske veze uredi
Dokumentacija i prezentacije uredi
- IUPAC InChI lokacija
- Neslužbena InChI FAQ Arhivirano 2012-03-06 na Wayback Machine-u
- InChI tehnička uputstvaPDF (335 KB)
- Opis algoritma kanonizacije
- Googling for InChIs W3C prezentacija
- The Semantic Chemical Web: GoogleInChI and other Mashups Arhivirano 2012-03-27 na Wayback Machine-u, Google Tech Talk by Peter Murray-Rust, 13 Sept 2006
- IUPAC InChI Arhivirano 2011-11-25 na Wayback Machine-u, Google Tech Talk by Steve Heller and Steve Stein, 2 November 2006
Softver i usluge uredi
- NCI/CADD Chemical Identifier Resolver, Generiše i pretvara InChI/InChIKeys i mnoge druge hemijske identifikatore
- Generate InChI Arhivirano 2005-11-01 na Wayback Machine-u, Interaktivna služba na Univerzitetu Kembridža
- Search Google for molecules Arhivirano 2006-01-17 na Wayback Machine-u, Generiše InChI iz interaktivno nacrtanih molekula, i pretražuje Google. Javascript osposobljen Veb pretraživač je potreban
- ChemSketch Arhivirano 2006-10-18 na Wayback Machine-u, Besplatan program za crtanje hemijskih struktura sa ulazom i izlazom u InCHI formatu
- PubChem
- ChemSpider Services
- MarvinSketch Arhivirano 2007-04-04 na Wayback Machine-u ChemAxon
- BKchem