Homeodomenski sklop
Homeodomenski sklop je proteinski strukturni domen koji vezuje DNK ili RNK i koji je često prisutan u transkripcionim faktorima.[2][3] Ovaj motiv se sastoji od 60 aminokiselina duge heliks-zavoj-heliks strukture u kojoj su tri alfa heliksa povezana kratkim petljama. Dva N-terminalna heliksa su antiparalelna, dok je duži C-terminalni heliks u aproksimativno normalnoj poziciji u odnosu na osu prva dva. Taj treći helih formira direktne interakcije sa DNK. Homeodomainsko savijanje je ekskluzivno prisutno kod eukariota. Ono ima visok stepen homologije sa lambda fag proteinima koji menjaju izražavanje gena kod prokariota. Mnogi homeodomeni indukuju ćelijsku diferencijaciju putem inicijacije kaskade koregulisanih gena koja je neophodna da bi se formirala individualna tkiva i organi, dok su homeodomainski proteini poput NANOG učestvuju u održavanju pluripotencije.
| |||||||||
| Antenapedijski homeodomenski protein iz Drosophila melanogaster vezan za fragment DNK.[1] | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | Homeobox | ||||||||
| Pfam | PF00046 | ||||||||
| Pfam klan | CL0123 | ||||||||
| InterPro | IPR001356 | ||||||||
| SMART | SM00389 | ||||||||
| PROSITE | PS50071 | ||||||||
| SCOP | 1ahd | ||||||||
| Superfamilija | 1ahd | ||||||||
| |||||||||
Reference uredi
- ↑ PDB 1AHD; Billeter M, Qian YQ, Otting G, Müller M, Gehring W, Wüthrich K (December 1993). „Determination of the nuclear magnetic resonance solution structure of an Antennapedia homeodomain-DNA complex”. J. Mol. Biol. 234 (4): 1084–93. DOI:10.1006/jmbi.1993.1661. PMID 7903398.
- ↑ Gehring WJ (August 1992). „The homeobox in perspective”. Trends Biochem. Sci. 17 (8): 277–80. DOI:10.1016/0968-0004(92)90434-B. PMID 1357790.
- ↑ Gehring WJ (December 1993). „Exploring the homeobox”. Gene 135 (1-2): 215–21. DOI:10.1016/0378-1119(93)90068-E. PMID 7903947.
Literatura uredi
- Branden C, Tooze J. (1999). Introduction to Protein Structure 2nd ed. Garland Publishing: New York, NY. (See especially pp159–66.)
Spoljašnje veze uredi
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_HOMEOBOX