Gramicidin

Gramicidin
Klinički podaci
Identifikatori
CAS broj	1405-97-6
ATC kod	R02AB30
DrugBank	DB00027
ChemSpider	3076403
UNII	5IE62321P4
KEGG	D04369
ChEMBL	CHEMBL557217
Hemijski podaci
Formula	C99H140N20O17
Mol. masa	1882,3 g/mol
SMILES	eMolekuli & PubHem
InChI
	InChI=1S/C60H92N12O10/c1-35(2)31-43-53(75)67-45(33-39-19-11-9-12-20-39)59(81)71-29-17-25-47(71)55(77)70-50(38(7)8)58(80)64-42(24-16-28-62)52(74)66-44(32-36(3)4)54(76)68-46(34-40-21-13-10-14-22-40)60(82)72-30-18-26-48(72)56(78)69-49(37(5)6)57(79)63-41(23-15-27-61)51(73)65-43/h9-14,19-22,35-38,41-50H,15-18,23-34,61-62H2,1-8H3,(H,63,79)(H,64,80)(H,65,73)(H,66,74)(H,67,75)(H,68,76)(H,69,78)(H,70,77) ; Key: IUAYMJGZBVDSGL-UHFFFAOYSA-N
Sinonimi	Bacillus brevis gramicidin D
Farmakoinformacioni podaci
Trudnoća	?
Pravni status

Identifikatori
Simbol
TCDB	1.D.1
OPM protein	69
OPM protein	1grm

Gramicidin je heterogena smeša šest antibiotika, gramicidini A, B i C, sačinjavaju 80%, 6%, i 14% respektivno,^[4] svi od kojih se dobijaju iz zemljišnih bakterijskih vrsta Bacillus brevis i kolektivno se nazivaju gramicidin D. Gramicidin D su linearni pentadekapeptidi. Drugim rečima njihov lanac sadrži 15 aminokiseline.^[5] U kontrastu s tim gramicidin S je ciklični peptidni lanac.

Upotrebe uredi

Gramicidin je aktivan protiv Gram-pozitivnih bakterija, izuzev Gram-positivnih bacila, i protiv selekcije Gram-negativnih organizama, kao što su Neisseria bakterije. Njegova terapeutska primena je ograničena na topičke aplikacije. Oni indukuju hemolizu na nižim koncentracijama od potrebnih za uginuće bacterija, te se ne mogu koristiti interno.

Gramicidin je jedan od tri konstituenta antibiotičkog polisporinskog oftalmičkog rastvora.

Kompozicija i struktura uredi

Gramicidin je polipeptid sa naizmeničnim L- i D-aminokiselinama i opštom formulom: formil-L-X-Gly-L-Ala-D-Leu-L-Ala-D-Val-L-Val-D-Val-L-Trp-D-Leu-L-Y-D-Leu-L-Trp-D-Leu-L-Trp-etanolamin

X i Y variraju među molekulima gramicidina. Postoje valinske i izoleucinske varijante sva tri tipa gramicidina, i 'X' može da bude jedna od te dve aminokiseline. Y određuje tip, gramicidin A sadrži triptofan, B fenilalanin, i C tirozin. Takođe, treba obratiti pažnju na naizmenične stereohemijske konfiguracije (D i L) aminokiselina; što je vitalno za formiranje β-heliksa.

Lanac poprima svoju tercijarnu strukturu β-heliksa unutar hidrofobnog ćelijskog lipidnog dvosloja. Heliks nije dovoljno dugačak da premosti membranu, ali dolazi do dimerizacije ćime se formira kanal dovoljne dužine.

Struktura gramicidinskog dimera u micelama i lipidnim dvoslojevima je određena putem NMR merenja u rastvoru i u čvrstom stanju. Prva struktura je predložena 1971. godine.^[6] U organskim rastvaračima i kristalima ovaj peptid formira različite tipove neprirodnih dvostrukih heliksa.

Strukture gramicidina A, B i C

Reference uredi

↑ Hettne KM, Williams AJ, van Mulligen EM, Kleinjans J, Tkachenko V, Kors JA. (2010). „Automatic vs. manual curation of a multi-source chemical dictionary: the impact on text mining”. J Cheminform 2 (1): 3. DOI:10.1186/1758-2946-2-3. PMID 20331846. edit
↑ Joanne Wixon, Douglas Kell (2000). „Website Review: The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes — KEGG”. Yeast 17 (1): 48–55. DOI:10.1002/(SICI)1097-0061(200004)17:1<48::AID-YEA2>3.0.CO;2-H.
↑ Gaulton A, Bellis LJ, Bento AP, Chambers J, Davies M, Hersey A, Light Y, McGlinchey S, Michalovich D, Al-Lazikani B, Overington JP. (2012). „ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery”. Nucleic Acids Res 40 (Database issue): D1100-7. DOI:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594. edit
↑ A. S. Bourinbaiar and C. F. Coleman Arch Virol (1997) 142: 2225-2235
↑ Burkhart, Brian M.; Gassman, RM; Langs, DA; Pangborn, WA; Duax, WL; Pletnev, V (1999). „Gramicidin D conformation, dynamics and membrane ion transport”. Biopolymers 51 (2): 129–44. DOI:10.1002/(SICI)1097-0282(1999)51:2<129::AID-BIP3>3.0.CO;2-Y. PMID 10397797
↑ Urry DW (1971). „The Gramicidin A Transmembrane Channel: A Proposed π(L,D) Helix”. Proc Natl Acad Sci U S A 68 (3): 672–6. DOI:10.1073/pnas.68.3.672. PMC 389014. PMID 5276779.

Spoljašnje veze uredi

	Portal Medicina
	Portal Hemija

[1] Hettne KM, Williams AJ, van Mulligen EM, Kleinjans J, Tkachenko V, Kors JA. (2010). „Automatic vs. manual curation of a multi-source chemical dictionary: the impact on text mining”. J Cheminform 2 (1): 3. DOI:10.1186/1758-2946-2-3. PMID 20331846. edit

[2] Joanne Wixon, Douglas Kell (2000). „Website Review: The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes — KEGG”. Yeast 17 (1): 48–55. DOI:10.1002/(SICI)1097-0061(200004)17:1<48::AID-YEA2>3.0.CO;2-H.

[3] Gaulton A, Bellis LJ, Bento AP, Chambers J, Davies M, Hersey A, Light Y, McGlinchey S, Michalovich D, Al-Lazikani B, Overington JP. (2012). „ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery”. Nucleic Acids Res 40 (Database issue): D1100-7. DOI:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594. edit

[4] A. S. Bourinbaiar and C. F. Coleman Arch Virol (1997) 142: 2225-2235

[5] Burkhart, Brian M.; Gassman, RM; Langs, DA; Pangborn, WA; Duax, WL; Pletnev, V (1999). „Gramicidin D conformation, dynamics and membrane ion transport”. Biopolymers 51 (2): 129–44. DOI:10.1002/(SICI)1097-0282(1999)51:2<129::AID-BIP3>3.0.CO;2-Y. PMID 10397797

[6] Urry DW (1971). „The Gramicidin A Transmembrane Channel: A Proposed π(L,D) Helix”. Proc Natl Acad Sci U S A 68 (3): 672–6. DOI:10.1073/pnas.68.3.672. PMC 389014. PMID 5276779.

[4]

[5]

[1]

[2]

[3]

[6]