Baza podataka konzerviranih domena
Baza podataka konzerviranih domena (CDD) je baza podataka dokumentovanih modela poravnavanja višestrukih sekvenci i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne domene i proteine pune dužine.[1]
![]() | |
---|---|
Kontent | |
Opis | Baza podataka konzerviranih domena za funkcionalnu anotaciju proteina |
Kontakt | |
Istraživački centar | Nacionalni centar za biotehnološke informacije |
Autori | Aron Marchler-Bauer |
Primarna citacija | Marchler-Bauer & al. (2011)[1] |
Datum objavljivanja | 2003 |
Pristup | |
Veb stranica | ncbi.nlm.nih.gov |
Alati | |
Razno |
Sadržaj baze podataka
urediCDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.
Reference
uredi- ↑ 1,0 1,1 Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH (January 2011). „CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D225–9. DOI:10.1093/nar/gkq1189. PMC 3013737. PMID 21109532.
Vanjske veze
uredi- „Conserved Domains Database (CDD) and Resource Group”. United States National Center for Biotechnology Information.