Aristagora je bio vođa jonskog grada Mileta krajem 6. i početkom 5. vijeka pne.

Bio je sin Molpagore, zeta (i nećaka) Histieja, koga su Perzijanci postavili za tiranina Mileta. Aristagora je dobio nadzor nad gradom kada je Histiej imenovan savjetnikom perzijskog cara Darija I. Kada se Naksos pobunio godine 502. pne. perzijski garnizon je pozvao Aristagoru za pomoć, i on je pristao pod pretpostavkom da će po kršenju pobune zavladati otokom. Sklopio je savez sa Artafernom, perzijskim satrapom Lidije, i dobio flotu. Međutim, prije same invazije, Aristagora se posvađao s admiralom Megabatom, koji je planove izdao Naksijancima.

Invazija je propala, a s njome i savez sa Artafernom. Zato se Aristagora odlučio spasiti od perzijskog bijesa tako što je 499. pne. podigao ustanak protiv perzijske vlasti. Njegov prijedlog su podržali vodeći građani Mileta, s izuzetkom historičara Hekateja. U gradu je proglašena demokracija, a primjer Mileta su slijedili i drugi jonski gradovi, pa je tako započeo jonski ustanak.

Aristagora je nakon toga otputovao u Grčku kako bi od tamošnjih polisa dobio podršku u borbi protiv Perzijanaca. Prvo je došao u Spartu gdje je kralja Kleomena I pokušao nagovoriti da iznenadnim prepadom osvoji Perzijsko Carstvo. Na pitanje koliko je Susa - glavni grad Perzije - udaljen od egejske obale, Aristagora je odgovorio "samo tri mjeseca putovanja". Spartanski kralj je na to odlučio ne sudjelovati u ustanku. Aristagora je više sreće imao u Ateni gdje je, kako kaže Herodot, bilo u uspjeh lakše uvjeriti "rulju do 1000 ljudi u skupštini nego jednog kralja".

Uz atensku pomoć je Aristagora vodio napad na Sard, glavni grad perzijske satrapije Lidije. Međutim, usprkos početnih uspjeha, Perzijanci su na kraju uspjeli ugušiti ustanak. Aristagora je pobjegao u Trakiju gdje je pokušao osnovati koloniju na rijeci Strumi kraj atenskog Amfipolisa. Tada je ubijen u okršaju s Tračanima.