Antigen je supstanca sposobna da reaguje sa antitelima, mada ne mora da izaziva stvaranje antitela. Antigeni koji izazivaju stvaranje antitela u organizmu nazivaju se još i imunogeni.

Mali hemijski molekuli, hapteni, poput dinitrofenola, mogu da se vežu za antitela, ali ne mogu da aktiviraju B-ćelije.

Stoga se se pre imunizacije prave kompleksi haptena i makromolekula (nosača) koji su imunogeni.

Determinanta ili epitop je deo makromolekula koji prepoznaje antitelo. Makromolekuli sadrže veći broj epitopa, od kojih se neki mogu ponavljati, a broj multiplih identičnih determinanti određuje valentnost antigena. Epitopi mogu biti nepreklapajući, kada su prostorno udaljeni i omogućavaju vezivanje dva ili više antitela. Preklapajuće determinante su blizu jedna drugoj i dovode do sternih smetnji prilikom vezivanja antitela, a u retkim slučajevima je moguće i da vezivanje prvog antitela dovede do konformacione promene strukture antigena čime se utiče na vezivanje drugog antitela. Epitopi ugljenih hidrata i fosfolipida su kovalentne strukture.

U slučaju proteina, postoje linearne determinante (niz od oko 6 aminokiselina i u najvećem broju slučajeva su dostupne antitelima tek pri denaturaciji proteina) i konformacione determinante (formiraju ih aminokiseline koje su razdvojene u primarnoj strukturi proteina i dovode se u neposrednu blizinu u nativnoj, trodimenzionalnoj, formi). Proteini su podložni modifikacijama, poput fosforilacije i proteolize, koje dovede do promene kovalentne strukture i stvaranja novih epitopa, neoantigenih determinanti.